题干逻辑关系：推理漫画和连环漫画都属于漫画，且有的推理漫画是连环漫画，有的推理漫画不是连环漫画，有的连环漫画是推理漫画，有的连环漫画不是推理漫画，二者构成交叉关系。 A项中，大气分为五层，对流层和中间层是其中的两层，但不能说对流层和中间层是大气，与题干逻辑关系不一致，排除； B项中，阳离子和阴离子都属于离子，但阳离子和阴离子是并列关系，与题干逻辑关系不一致，排除； C项中，红光和紫光都属于可见光，但红光和紫光是并列关系，与题干逻辑关系不一致，排除； D项中，馆藏文物和史前文物都属于文物，且有的馆藏文物是史前文物，有的馆藏文物不是史前文物，有的史前文物是馆藏文物，有的史前文物不是馆藏文物，二者构成交叉关系，与题干逻辑关系一致。 故本题答案为D选项。